莆田市水利局主要職責：貫徹執行國家、省有關水利工作的法律法規和方針政策，結合我市實際，擬定全市水利工作中長期規劃，組織起草有關水利管理的規范性法規，經批準后監督實施。統一管理全市水資源（含空中水、地表水、地下水）。組織擬定全市和跨縣區水中長期供求計劃、水量分配方案并監督實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作；組織實施取水許可制度和水資源費征收制度；發布全市水資源公報。根據國家、省節約用水政策，制定莆田市節約用水規范性文件，編制節約用水規劃，組織、指導和監督全市節約用水工作。按照國家和省有關資源與環境保護的法律、法規和標準，擬定水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。組織、指導水政監察和水行政執法；協調并仲裁部門間和縣區間的水事糾紛。負責對水利建設資金的使用進行引導、監控；指導水利行業的供水、水電及多種經營工作；研究提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見。編制、審查重要水利工程的項目建議書、可行性研究報告和初步設計文件，并按規定的基本建設程序辦理審批手續；組織水利科研，負責新工藝、新設備、新技術的推廣與應用；監督實施水利行業有關的技術質量標準、規程、規范；指導和管理全市水利工程建筑市場，規范建筑市場行為，指導、監督和管理水利工程招投標、工程監理以及工程質量和安全。組織、指導全市水利設施、水域及其岸線的管理與保護；組織指導主要河道、河口的治理和開發，負責海岸灘涂的圍墾工作和海堤建設與管理工作；辦理跨市河流協調事務；組織建設、指導和管理具有控制性的或跨縣區的重要水利工程；組織、指導水庫、電站大壩的安全監管。指導農村水利工作；組織協調農田水利基本建設。 組織全市水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施規劃，組織水土流失的監測和綜合防治。指導全市水利行業隊伍的建設管理工作。 指導全市水利行業的水電工作，組織協調農村水電電氣化工作。承擔莆田市人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作，組織、協調、監督、指導全市防洪工作，對主要江河和重要水利水電工程實施防汛抗旱調度。承辦市政府交辦的其他事項。