莆田市疾病預防控制中心是莆田市實施疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的副處級公益性事業單位。其前身為1959年成立的閩侯專區衛生防疫保健站，1972年改稱莆田地區衛生防疫站，1983年莆田撤區建市，改稱莆田市衛生防疫站，2004年7月因全國衛生監督與疾病預防控制體制改革，經市編辦批準莆田市衛生防疫站更名為莆田市疾病預防控制中心。中心下設辦公室、業務質量管理科、傳染病防治科、預防性體檢科、消毒殺蟲科、食品營養監測科、環境衛生科、學校衛生科、結核病防治科、職業病防治科、檢驗科、地方病和慢性非傳染病控制科等12個科室。其主要職責和任務是，預防控制非典、人禽流感、鼠疫、霍亂、艾滋病等重大傳染病的發生與流行，開展突發公共衛生事件、救災防病的應急處置，開展健康危險因素監測檢測，開展健康教育與促進等工作。同時還可為社會提供免疫預防、健康體檢、結核病防治、職業病防治等公共衛生技術服務。中心現有職工82人，其中衛生技術人員59人，占全站職工73.75%；現有高級職稱14人，中級職稱20人；中級職稱以上的技術人員占衛生技術人員的57.63%。建有百級潔凈實驗室、HIV抗體初篩實驗室、流感和禽流感實驗室、麻疹實驗室、鼠疫實驗室、強毒實驗室及先進的理化實驗室。擁有原子吸收分光光度計、氣相色譜儀、高效液相色譜儀、原子熒光分光光度計、紫外分光光度計、酶標儀、均質器、全自動細菌鑒定系統、全自動生化分析儀等一批先進儀器設備，固定資產總值824.43萬元。長期以來，莆田市疾病預防控制中心致力于莆田市的疾病預防與控制，注重加強精神文明建設，成績顯著。先后獲得“全國衛生系統先進集體”、 “全國結核病防治工作先進集體”、“全國消滅脊髓灰質炎先進集體”、“市防治非典先進集體”、“市愛國衛生工作先進單位”、“市創建省級衛生城市先進集體”，“市平安莆田建設平安單位”和第八屆、第九屆和第十屆市級文明單位等榮譽稱號。1996年原莆田市衛生防疫站在全省首家達到國家衛生部頒布的地（市）級一等防疫站標準。2001年我市在全省首家有完全資料證實達到消滅脊髓灰質炎標準。2002年全市消滅絲蟲病病工作通過省級評審，達到國家標準。1999年原市衛生防疫站取得國家技術監督局頒布的計量認證合格證[（99）量證（閩）字（L0217）號]， 2005年市疾病預防控制中心順利通過了省級計量認證復評審。2005年在全省第三家通過了職業衛生技術服務機構資質現場考核。近年來，先后有《莆田市消滅脊髓灰質炎應用技術研究》、《莆田市不同人群軍團菌自然感染血清流行病學調查》、《硬PVC飲水管材和管徑萃取液中鉛和鎘的測定研究》等14個科研項目分別獲得市級科技進步一、二、三獎。