莆田市氣象局是莆田氣象部門的領導機構，實行以氣象部門為主與地方政府雙重領導的管理體制，承擔福建省氣象局和莆田市人民政府賦予的氣象工作管理職能。莆田市氣象系統分為市、縣二級機構。負責對全市氣象行業實施規劃、協調、指導、監督，負責對氣象法規和氣象業務技術規范、標準的執行情況進行監督檢查，統一管理天氣預報警報及其它氣象信息的發布，參與有關的防災減災決策，管理與指導氣候資源的開發、利用和保護，組織對當地重點建設工程、重大區域性經濟開發項目、城鄉建設規劃中的氣象條件評價的論證和審查。歸口管理人工影響天氣和社會生產、人民生活中與氣象有關的防雷避雷安全設施的設計、施工和技術檢測，為莆田經濟建設和社會發展提供各種氣象科技服務。市局由局機關和直屬事業單位構成，其中局機關內設：辦公室(人事教育科)、業務科技科、政策法規科；直屬事業單位共四個，分別為：氣象臺、氣象服務中心、氣象災害防御技術中心、氣象信息網絡與裝備保障中心。