南平市地方海事局、南平市水路運輸管理處成立于2003年6月，2004年6月原省航道局南平辦事處并入市水路運輸管理處（原省航道局設在武夷山的航道管理站同時更名為南平市港航管理處武夷山港航管理所），實行四塊牌子一套人馬，統一管理、統一執法，為副處級行政類事業單位。設有九個職能科（室）所，即辦公室、運輸管理科、安全監督科、航務科、船舶檢驗科、港務管理科、航道管理科、沙溪口水路運輸安全管理所和南平市港航管理處武夷山港航管理所，均為副科級。局（處）機關設有南平市地方海事局黨支部、南平市水路運輸管理處黨支部，書記由局長兼任。為第九屆、第十屆、第十一屆省級文明單位，第十二屆市級文明單位；連續兩屆獲得“全國海事系統文明執法示范窗口標兵”單位。其主要職能：貫徹執行國家有關水路運輸行業發展戰略、方針、政策和法規；擬訂全市水路運輸行業規章制度，經批準后負責實施、協調和監督；編制全市水路運輸行業的發展規劃，中長期和年度計劃并負責監督實施；負責全市水路運輸市場管理，維護水路運輸行業的平等競爭，負責水路交通運輸的組織管理；負責轄區水上交通安全監督、管理；負責實施轄內水上交通管制；負責轄內船舶和船員管理；負責轄內船舶、水上設施法定檢驗；負責轄區港口航道行政管理、維護、建設、規費征收等職能。