濟寧市畜牧獸醫局是主管全市畜牧獸醫工作的政府工作部門。內設辦公室、動物衛生防疫科、醫政藥政科、飼料科、科技科、人事科（掛離退休干部科牌子）、畜產品質量安全監管科7個科室，下設市動物衛生監督所（副縣級）、市動物疫病預防與控制中心、市畜牧站3個事業單位。主要職責：(一)貫徹執行國家、省有關畜牧獸醫工作的方針政策和法律法規，研究擬訂全市畜牧獸醫工作的政策規定并組織實施。(二)研究擬訂全市畜牧獸醫行業發展規劃、計劃并組織實施，指導和推進畜牧業產業結構調整。(三)研究擬訂全市動物疫病防控規劃、計劃，組織動物疫病控制和撲滅，承擔市重大動物疫病防控指揮部辦公室的日常工作。(四)負責動物防疫、防疫監督、動物和動物產品的檢疫、獸藥殘留監督的管理工作；負責全市獸藥藥政、獸醫醫政和官方獸醫、執業獸醫管理工作。(五)負責全市畜牧業監督管理工作，組織擬訂獸醫、獸藥、牧草、飼料、飼料添加劑、畜禽品種規范，并監督執行國家、地方標準和行業相關標準；負責全市種畜禽、牧草、飼料、飼料添加劑和草原(場)監督管理工作；組織畜產資源和飼草飼料資源保護工作。(六)研究擬訂全市畜牧獸醫行業科技發展規劃、計劃并組織實施，指導科技推廣和教育培訓工作，開展對外經濟、技術交流與合作。(七)承辦市委、市政府交辦的其他事項。